Jáchym Topol s-a născut la 4 august 1962, la Praga, într-o familie de intelectuali. Tatăl, Josef Topol, este un cunoscut dramaturg, poet şi traducător în cehă al lui Shakespeare, iar mama sa, Jiřina Topolová, este fiica unui faimos scriitor ceh catolic, Karel Schulz. După absolvirea gimnaziului, Jáchym Topol a fost nevoit să lucreze ca fochist şi muncitor în construcţii, pentru că regimul comunist i-a închis drumul spre studiile universitare, pedepsind în acest fel disidenţa tatălui său.